После падения Римской империи историю противозачаточных средств на Западе трудно проследить из-за запрета их церковью. За редким исключением знания о противозачаточных средствах держались в тайне, ими владели только повитухи, которых впоследствии объявили колдуньями.

Более просто обстояли дела в Восточной Римской империи. Византийский придворный медик Аэций Амидийский (V в. н. э.) включил в свою медицинскую энциклопедию рецепт заимствованного у Сорана применения вяжущих, жирных или охлажденных мазей для того, чтобы перекрыть проход в матку и не допустить попадания спермы. Мужчинам он советовал подмывать половые органы уксусом или морской водой перед началом полового акта (уксус является одним из самых эффективных средств против сперматозоидов). Тем не менее Аэций, находясь под влиянием мнения церкви, настойчиво рекомендовал использовать цикличный метод, т. е. вступать в половую связь во время «безопасного периода» в начале или в конце менструального цикла.

В исламских странах использовалось множество противозачаточных методов, которые в христианском мире были запрещены. Исламские средневековые медики заимствовали знания у индийцев, греков и римлян. Наиболее подробное описание встречается в труде Ибн Сина, известного на Западе под именем Авиценны (980—1037 гг. н. э.). Его огромная медицинская энциклопедия содержит около миллиона слов, приводит 20 различных методов по предупреждению зачатия с краткими комментариями их эффективности. Это убедительное толкование надежности различных противозачаточных методов оставалось непревзойденным до XX в. Норман Хаймс, первый исследователь истории противозачаточных средств, в 1937 г. отмечал, что Ибн Сина намного превзошел многих современных врачей в понимании того, что традиционные противозачаточные средства действительно могли помогать. Скептицизм ученых, современников Хаймса, был результатом невежества и предубеждения против идеи противозачаточных средств, они непроизвольно допустили, что природные и травяные средства в противоположность химическим должны быть неэффективными.

Многочисленные сведения о древних противозачаточных средствах, собранные Хаймсом, сыграли важную роль в развенчании существовавшего в его время ортодоксального взгляда, согласно которому предупреждение беременности является противоестественным. Однако Хаймс сам стал жертвой предубеждения, отказавшись поверить в существование оральных противозачаточных средств. В своей дискуссии о противозачаточных средствах, используемых племенами индейцев в Америке, Хаймс высказал непонимание метода, традиционно используемого женщинами племени чероки, которые верили, что жевание или прием в пищу корней веха ядовитого может сделать их бесплодными в течение четырех дней. Хаймс посчитал, что этот метод бесполезен, что «не было еще ни одного лекарства, которое при применении вовнутрь привело бы к временному бесплодию».

Как обычно случается, десятилетия спустя после высказывания Хаймса исследования показали, что некоторые оральные противозачаточные средства американских индейцев действительно эффективны. Использование в лабораторных опытах воробейника, который принимали женщины племени шошонов в виде отвара под названием «чай пустыни», и парагвайской сорной травы (Paraguayan weed) в виде порошка, которую запивали водой, на крысах доказало значительное снижение способности к воспроизведению потомства.

Исследование традиционных лекарств из трав у американских индейцев сыграло главную роль в поисках современных надежных оральных противозачаточных средств.