С концом «культуры Хараппы» заметен явный регресс, а такие достижения индской цивилизации, как градостроительство, искусство, письменность, были утрачены почти полностью или совсем. Причины упадка этой цивилизации до сих пор неясны, и на этот счет высказываются различные предположения. Одной из первых была гипотеза (до сих пор имеющая сторонников) о разрушении городов (а следовательно, и цивилизации в целом, поскольку города являлись основным ее носителем) вторгшимся в Индию внешним врагом — племенами индоарийцев. В подтверждение этой точки зрения ссылались на находку в верхнем слое Мохенджо-Даро двух десятков скелетов люден, погибших насильственной смертью. Ссылаются также на частые упоминания в древнейшем индоарийском сборнике религиозных гимнов — «Ригведе» — войн ариев с дасью, которые отождествляются (не всегда основательно) с местным населением. Последующие археологические исследования не подтвердили эту теорию.

В настоящее время появление индоарийских племен в Индии принято относить ко второй половине II тысячелетия до н.э. Таким образом, между конечным упадком Мохенджо-Даро и приходом индоарийцев существует значительный временной разрыв, так как верхний слон этого города, в которым были обнаружены упомянутые скелеты, не может быть датирован позже 1750 г. до н.э. Археологические данные свидетельствуют также, что индские города пришли в упадок не одновременно. Так, если упадок Мохенджо-Даро, как указано, относится к XVIII в. до н.э., то Лотхала — к XVI—XV вв., а Калибангана — даже к XIII— XII вв. Разрыв в пять-шесть веков столь значителен, что исключает предположение, будто все эти города были жертвами одного и того же нашествия. Кроме того, если бы индские города были все же разрушены одним народом, слои «культуры Хараппы» были бы перекрыты единой археологической культурой. Однако таких культур несколько, они не сходны между собой и связаны обычно с культурами Белуджистана, которые нельзя считать индоарийскими. В нескольких же случаях они больше подходят на деградировавшую «культуру Хараппы», чем на резко отличные от нее иноземные (Рангпур, Лотхал).

Значительное внимание в последние годы уделяется изучению природных условий северо-запада Индии в III—II тысячелетиях до н. э., чтобы установить, не имели ли их изменения (например, изменения климата) последствий, которые для слабо оснащенного техникой древнего общества могли бы оказаться разрушительными. Известно, что во всяком случае в Передней Азии на II тысячелетие до н.э. пал период засушливого климата. Могли подвергнуться засолению каналы, измениться русла рек. Еще античный географ Страбон (I в. н.э.) сообщает следующее свидетельство Аристобула, участника похода Александра Македонского в Индию (IV в. до н.э.): «...он говорит, что, посланный с каким-то поручением, он видел страну с более чем тысячью городов вместе с селениями, покинутую жителями, потому что Инд, оставив свое прежнее русло и повернув налево в другое, гораздо более глубокое, стремительно течет, низвергаясь, подобно катаракту».

Все исследователи обращают внимание на то, что «культура Хараппы» (например, в Мохенджо-Даро) исчезла не внезапно, а этому предшествовал длительный период застоя и упадка, начавшегося в XX—XIX вв. до н.э.; это видно из постепенного обеднения и запустения городов, начиная с окраин хараппской культуры, упадка городского хозяйства. Все это должно было привести к военному ослаблению, а затем к междоусобицам, восстаниям местных, прежде подчиненных племен и набегам пришлых, независимых. Но о характере возможных внутриполитических и экономических изменений можно только гадать. По новейшим археологическим данным «постхараппская культура» (включая, возможно, и письменность) в отдельных районах просуществовала до конца II — начала I тысячелетия до н.э.

Что из упомянутого выше явилось основной причиной краха индской цивилизации, пока невозможно утверждать с уверенностью, но отметим, что гибель сложившейся было и как будто успешно развивавшейся цивилизации или предцивилизации наблюдалась в ранней древности не один раз.