При постройке Храма Соломоном, Ковчег со всеми принадлежностями Скинии был перенесен в Храм. Кстати, и при самой постройке Первого Храма, Соломоном был использован принцип Скинии (этот же принцип господствовал и при постройке Второго Храма). С этого времени Скиния больше не упоминается.

Святая святых, также устар. святое святых или святое-святых (др.-гр. ἅγιος αγίων, лат. sancta sanctorum) — калька с еврейского Кодеш ха-Кодешим (ивр. קֹדֶשׁ הַקֳּדָשִׁים‎) — самое сокровенное место скинии собрания, а затем и Иерусалимского храма.

Этим именем обозначалась внутренняя часть скинии собрания, отделённая от внешнего помещения завесой (парохет), в которой находился Ковчег Завета. Святость места определялась ещё и тем, что именно там, над ковчегом, Господь являлся первосвященникам для провозглашения своей воли и заветов еврейскому народу. Позже, с возведением Иерусалимского храма, Cвятая святых называлась также двир (ивр. דְּבִיר‎).

При разрушении Храма Навуходоносором вовсе нет сведений ни о Скинии, ни о Ковчеге. Согласно талмудическому сказанию (Сота, 9а), при окончании постройки Храма Соломонова Скиния со всеми своими составными частями чудесным образом скрылась в подземных пещерах Храма, где она сохраняется и поныне. Известно, что во втором Храме не было ни Ковчега, ни его принадлежностей. Иосиф Флавий, говоря о втором Храме, подобно книге Эзры, говорит только лишь о сооружении жертвенника и Храма, но не о "Святая Святых".